Thibaut Armel Cherif GNIMADI

Pharmacien de formation (PharmD, Université Gamal Abdel Nasser de Conakry), titulaire d’un master en microbiologie et immunologie (UGANC) et d’un diplôme interuniversitaire en santé globale et maladies émergentes (UGANC – Université de Montpellier), je poursuis actuellement un doctorat (PhD) en bioinformatique dans le cadre d’une cotutelle entre le Conservatoire National des Arts et Métiers (CNAM, Laboratoire Génomique, Bioinformatique et Chimie Moléculaire – EA7528, HESAM Université, Paris) et l’UGANC.

Mes recherches portent sur l’application des approches génomiques et métagénomiques à la surveillance de la résistance aux antimicrobiens (RAM) et à la détection de pathogènes émergents, dans une perspective One Health. Mes travaux intègrent également l’épidémiologie moléculaire, la phylogéographie, la santé publique et l’étude de l’évolution virale. Je m’intéresse en particulier à la caractérisation de la diversité génétique et de la dynamique spatio-temporelle des variants circulants (SARS-CoV-2, Mpox, diphtérie), ainsi qu’au développement de pipelines bioinformatiques pour le suivi des bactéries multirésistantes.

Au sein du CERFIG, je suis impliqué depuis 2021 dans la mise en œuvre opérationnelle de la surveillance génomique des pathogènes dans le cadre du projet AFROSCREEN, un réseau de plus de dix pays africains financé par l’Agence Française de Développement (AFD) via l’ANRS Maladies Infectieuses Émergentes (ANRS-MIE), en partenariat avec l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD) et l’Institut Pasteur. Dans ce cadre, j’assure l’analyse bioinformatique des séquences générées localement sur la plateforme Illumina iSeq 100 et Oxford Nanopore (MinION), la gestion des données génomiques et leur soumission sur les bases de données internationales (GISAID, GenBank/Pathoplexus). J’ai contribué au séquençage et à l’analyse phylogénétique des premiers génomes complets du virus Mpox (clade IIb, lignée A.2.2) détectés en Guinée en 2025, ainsi qu’à la caractérisation génomique de la ré-émergence de la diphtérie et à la surveillance sentinelle post-épidémique du SARS-CoV-2 à Conakry. Je contribue également aux projets AFRICAM qui vise à prévenir les risques d’émergences pandémiques et à rendre opérationnelles les plateformes One Health en Guinée.

Engagé pour le développement des compétences en bioinformatique en Afrique de l’Ouest, je participe activement à la formation et au mentorat des personnels et étudiants des laboratoires partenaires du réseau AFROSCREEN en Guinée et dans la sous-région, notamment dans les domaines de la phylogénie moléculaire, de l’analyse de données de séquençage de nouvelle génération (NGS) et de la surveillance génomique appliquée.

• 2023 – 2027 : PhD Candidat, Bio-informatique, Cotutelle de thèse Conservatoire National des Arts et Métiers (CNAM), Paris & UGANC
• 2025 : DIU en Santé globale et Maladies Émergentes – UGANC & Université de Montpellier
• 2021 – 2023 : MSc, Microbiologie et Immunologie, parcours microbiologie – Université Gamal Abdel Nasser de Conakry (UGANC)
• 2014 – 2020 : PharmD, Doctorat d’Etat en Pharmacie – Université Gamal Abdel Nasser de Conakry (UGANC)

Liste de Publication : https://scholar.google.com/citations?user=nZxs0nIAAAAJ&hl=en